孙美琪疑案是孙美琪系列的主要故事。玩家在孙美琪疑案中扮演负责此案的刑警，并通过调查现场找到有用的线索。孙美琪疑案有不同层次的线索。玩家需要依靠合理的判断来整合线索，并连接可能与获取全新线索有关的线索。尽管孙美琪疑案的玩法非常简单，但却是集思广益，因为并非所有线索都可以联系在一起。
